公司遇到知识产权纠纷要怎么维权，商业机密和知识产权很重要，尤其是对于高新技术公司。对知识产权保护必须提高重视，采取多种措施，包括建立科学管理制度，对员工进行保密教育，通过法务部门对知识产权侵犯的情况做出维权。

　　1、工商局查处、专利局查处、版权局(文化执法大队)查处：

　　通过向工商局、专利局、版权局(文化执法大队)举报，要求侵权企业停止侵权，同时对其进行行政处罚。

　　2、向公安局或海关等机关查处：

　　向公安机关举报检举，请求对侵权方责任人予以刑事处罚，从而从根本上制止侵权行为再次发生。涉及海关备案、海关知识产权保护向海关提出查处。

　　3、人民法院起诉

　　通过诉讼，请求人民法院判令侵权方停止侵权，赔偿损失。一般分为民事纠纷案件、行政诉讼案件、侵犯知识产权的刑事案件。

　　4、其他行政部门查处

　　与知识产权相关侵权行为涉及的行政部门。一般来说，各个部门查处并非完全独立，有时需要同时使用多个机关同时对侵权行为进行查处维权。企业当发现知识产权侵权时应及时维权，这样才能有效维护企业的知识产权价值。